Menteri Kehutanan menunjuk Sebangau sebagai Taman Nasional ke-50 pada 19 Oktober 2004 melalui Surat Keputusan Nomor. SK.423/Menhut-II/2004. Sebelum terbentuknya Taman Nasional, kawasan Sebangau merupakan hutan produksi yang dikelola oleh beberapa HPH sebagai penghasil kayu sehingga pembalakan liar merajalela setelah berakhirnya ijin HPH dikawasan tersebut. Kawasan Sebangau merupakan kawasan yang dilindung karena adanya spesies orang-utan dan spesies lainnya seperti bekantan, beruang madu, owa-owa, burung enggang, harimau dahan dan lainnya.
Perlindungan terhadap kawasan konservasi sering di anggap sebagai “pembatasan” ruang gerak masyarakat yang ada di sekitarnya. Karena itu di dalam pengelolaan Taman Nasional Sebangau, dikembangkan pendekatan baru dalam pengelolaannya, yaitu dengan sistem zonasi berdasarkan proses pemetaan partisipatif, dimana terdapat kesepakatan bersama dengan masyarakat untuk menetapkan areal-areal yang merupakan wilayah tradisional masyarakat, areal yang perlu direhabilitasi dan areal inti. Dengan demikian diharapkan ada tanggungjawab bersama dalam menjaga kelestarian wilayah tersebut, dengan tetap memperhatikan pertimbangan secara ilmiah dan objektif mengenai kondisi dan kelayakan lingkungan.
Dengan adanya taman nasional, Sebangau dapat tetap terjaga kelestariannya dan sekaligus tetap dapat memberi manfaat bagi masyarakat yang hidup di sekitarnya. Usaha penjagaan kelestarian dan pemberian manfaat sumber daya alam di kawasan Sebangau pada masyarakat sekitarnya dilakukan oleh Balai Taman Nasional Sebangau bekerjasama dengan WWF-Indonesia. Kerjasama ini juga dikoordinasikan dengan pemerintah propinsi dan kabupaten serta dinas/instansi terkait lainnya.
