Misi utama WWF Indonesia adalah melestarikan, merestorasi serta mengelola ekosistem dan keanekaragaman hayati Indonesia secara berkeadilan, demi keberlanjutan dan kesejahteraan seluruh rakyat Indonesia, yang dicapai melalui upaya:
- Menerapkan dan mempromosikan praktik-praktik konservasi terbaik yang berbasis sains, inovasi dan kearifan tradisional
- Memfasilitasi pemberdayaan kelompok-kelompok yang rentan, membangun koalisi dan bermitra dengan masyarakat madani, dan bekerjasama dengan pemerintah dan sektor swasta
- Mempromosikan etika pelestarian yang kuat, kesadaran serta aksi konservasi di kalangan masyarakat Indonesia
- Melakukan advokasi dan mempengaruhi kebijakan, hukum, dan institusi terkait untuk mendorong tata kelola lingkungan yang lebih baik
